Cực quang trên Sao Mộc. Ba điểm sáng chính hình thành bởi luồng từ thông kết nối với những vệ tinh của Sao Mộc; Io (bên trái), Ganymede (phía dưới) và Europa (cũng ở phía dưới). Thêm vào đó, có một miền tròn rất sáng, oval chính, và cực quang mờ hơn cũng hiện ra trong ảnh.

Từ trường của Sao Mộc mạnh gấp 14 lần từ trường của Trái Đất, với cường độ từ 4,2 gauss (0,42 mT) tại xích đạo đến 10–14 gauss (1,0–1,4 mT) tại các cực, và nó cũng là từ trường lớn nhất trong Hệ Mặt Trời (ngoại trừ các vết đen).[51] Nguồn gốc của trường là từ các dòng điện xoáy - chuyển động cuộn xoáy của những vật liệu mang dòng điện - bên trong lõi hiđrô kim loại lỏng. Các núi lửa trên Io phun ra một lượng lớn SO2 tạo thành hình xuyến khí dọc theo quỹ đạo của vệ tinh này. Luồng khí này theo thời gian bị ion hóa trong từ quyển sinh ra các ion lưu huỳnh và ôxy. Chúng cùng với các ion hiđrô nguồn gốc từ khí quyển Sao Mộc, tạo ra dải plasma trong mặt phẳng xích đạo của Mộc Tinh. Dải plasma quay cùng chiều với chiều tự quay của hành tinh gây ra sự biến dạng trong từ trường lưỡng cực của đĩa từ. Các electron bên trong dải plasma sinh ra nguồn sóng radio mạnh với những chớp nổ tần số 0,6–30 MHz.[67]

Ở vị trí cách hành tinh 75 lần bán kính Sao Mộc, sự tương tác giữa từ quyển với gió Mặt Trời sinh ra vùng sốc hình cung (bow sock). Vùng nằm giữa từ quyển Sao Mộc và plasma gió Mặt Trời gọi là magnetopause, nó nằm bên trong của magnetosheath— vùng nằm giữa magnetopause và vùng sốc hình cung. Tương tác gió Mặt Trời với những vùng này, làm kéo dài từ quyển của Sao Mộc ra sau hướng nối Mặt Trời và Sao Mộc và kéo dài đến tận sát quỹ đạo của Sao Thổ. Bốn vệ tinh lớn nhất nằm trong từ quyển Sao Mộc, và bảo vệ chúng khỏi gió Mặt Trời.[34]

Từ quyển Sao Mộc cũng là nguyên nhân gây ra những đợt bức xạ sóng vô tuyến từ hai vùng cực của hành tinh. Những hoạt động núi lửa của vệ tinh Io (xem bên dưới) phóng thích khí núi lửa vào trong từ quyển Sao Mộc, tạo ra vòng xuyến hạt ion bao quanh hành tinh. Khi Io chuyển động qua vòng xuyến này nó tương tác với đám hạt và sinh ra sóng Alfvén mang theo vật chất bị ion hóa rơi vào hai vùng cực Mộc Tinh. Kết quả là, sóng vô tuyến được sinh ra thông qua cơ chế phát xạ maser xyclotron, và năng lượng được truyền dọc theo bề mặt hình nón. Khi Trái Đất cắt vào hình nón này, bức xạ vô tuyến phát ra từ Sao Mộc có thể vượt qua cường độ sóng vô tuyến phát ra từ Mặt Trời.[68]